Στο Μουσείο εκτίθενται τα ιστορικά επιστημονικά όργανα που χρησιμοποιήθηκαν από του ερευνητές του Αστεροσκοπείου για την παρατήρηση του σύμπαντος ,την μέτρηση του χρόνου και τον προσδιορισμό της γεωγραφικής θέσης της χώρας ,καθώς επίσης και στους τομείς της Σεισμολογίας και Μετερεωλογίας. Δίπλα στο Μουσείο ευρίσκεται το μεσημβρινό τηλεσκόπιο Συγγρού που χρησιμοποιείτο μέχρι πρόσφατα για τον προσδιορισμό της ώρας Ελλάδας ,επίσης εκτίθεται ο χάρτης της σελήνης ο οποίος έχει ιδιαίτερη επιστημονική σημασία καθώς απεικονίζει την επιφάνεια της σελήνης σε μια δεδομένη χρονική περίοδο του 19ου αιώνα.