Αφού κάνω ftp πρέπει να αποθηκεύσω τα αρχεία μου κάτω από συγκεκριμένο κατάλογο (τον public_html ίσως;) προκειμένου να εμφανιστούν στον δικτυακό μου τόπο;

Όχι. Ο διακομιστής ftp θα σας μετακινήσει αυτόματα στον κεντρικό κατάλογο του δικτυακού σας τόπου (ο οποίος εμφανίζεται στον ftp πελάτη σαν ο ριζικός κατάλογος  "/").